仙居歷史悠久。6000多年前，在永安溪中下游河谷平原上，就已聚居著仙居人的祖先—甌越族人。
戰國時，仙居為越國領土。秦統一全國后，屬閩中郡鄞縣回浦鄉。東漢時，仙居是國內高僧名道涉足之地，興平元年（公元194年）建造的“石頭禪院”（即石?！按笈d寺”），比國清寺建寺早400多年。
東晉穆帝永和三年（公元347年），仙居立縣，名樂安。隋、唐間幾經廢置，至五代吳越寶正五年（公元930年），改名永安。宋時，仙居是國內著名的宗教圣地之一。北宋景德四年（公元1007年），宋真宗以其“洞天名山屏蔽周衛，而多神仙之宅”，詔改今名。立縣至今已有1600多年。
仙居人杰地靈,人才輩出。自唐至清，出過245位進士，其中首位進士是唐代著名詩人項斯，影響較大的有南宋名臣吳芾、左丞相吳堅，明代太子少師王一寧、刑部尚書應大猷、勇斗嚴嵩的右都御史吳時來、監察御史應朝卿等。此外，還有北宋開仙居辦學風氣的陳襄、揭竿起義的呂師囊，南宋世界上第一部食用菌專著《菌譜》的作者陳仁玉，元代大書畫家柯九思等。